В 1996 году Банк стал членом S.W.I.F.T. В этом же году на обслуживание в банк были переведены счета таможен Северо-Западного таможенного управления. Работа с таможнями на долгие годы стала одним из важных направлений деятельности банка. В том же году банк начал обслуживать счета Территориального дорожного фонда Санкт-Петербурга.
В 1997 году банк получил статус дилера в Российской Торговой Системе, а также стал уполномоченным банком правительства Ленинградской области.
В условиях кризиса на финансовых рынках в 1998 году банк не только не понес никаких потерь, но и привлек новых клиентов, став для них надежным финансовым партнером. В 1998 году банк открыл первый филиал в г. Выборг (Ленинградская область).
В 1999 году банк открыл второй филиал — в Архангельске. В том же году банк стал стратегическим финансовым партнером петербургских предприятий энергомашиностроения: ЛМЗ, ЗТЛ, "Электросилы".
В начале 2001 года между банком, администрацией Санкт-Петербурга, ГУП "ТЭК СПб", ОАО "Ленэнерго" и ООО "Петербургрегионгаз" было подписано соглашение о порядке взаимодействия по обеспечению устойчивого финансирования поставок тепловой энергии для предприятий, организаций и жилого фонда Санкт-Петербурга. В 2001 году акции банка, принадлежавшие структурам группы "Интеррос", были выкуплены рядом петербургских компаний.
В 2002 году банк первым в Санкт-Петербурге приступил к эмиссии таможенных карт.
В 2003 году БАЛТОНЭКСИМ БАНК был переименован в БАЛТИНВЕСТБАНК. В конце 2003 года в Санкт-Петербурге открыт первый дополнительный офис банка, что стало началом развития ритейлового направления деятельности.
В начале 2004 года банк внедрил новую систему срочных вкладов и активизировал работу с физическими лицами. В середине 2004 года банк подписал соглашение с Российским банком развития о совместной работе по кредитованию малого бизнеса, что стало началом стратегической программы БАЛТИНВЕСТБАНКа по работе с предприятиями малого и среднего бизнеса. В сентябре 2004 года на собрании акционеров банка было принято решение о реорганизации путем присоединения ОАО КБ "ПРОМАВТОБАНК" (Самара).
В 2005 году банк включен в государственную систему страхования вкладов. В марте 2005 года была одобрена новая стратегия развития банка в качестве универсального кредитно-финансового учреждения. В августе банк начал эмиссию карт Diners Club. В октябре банк повысил свой статус в международной платежной системе Visa Int. В рамках развития сети банка было открыто 2 дополнительных офиса в Санкт-Петербурге, а также дополнительный офис филиала "Архангельский" в городе Северодвинск. В декабре на базе ОАО КБ "ПРОМАВТОБАНК" был создан новый филиал банка в Самаре. В конце 2005 года банк получил лицензию специализированного депозитария инвестиционных фондов, паевых инвестиционных фондов и негосударственных пенсионных фондов.
В 2006 году в целях создания удобной для клиентов розничной сети банк активно расширялся за счет открытия филиалов и дополнительных офисов как в Санкт-Петербурге, так и в крупных региональных центрах России. Всего в 2006 году было открыто 8 новых дополнительных офисов в Санкт-Петербурге, Архангельске, Самаре, в том числе 5 новых дополнительных офисов в Санкт-Петербурге. В январе начал работу филиал банка в Самаре, а в августе был открыт филиал в Москве. В ноябре 2006 года головной офис банка переехал в новое, более современное здание. В октябре банком была успешно реализована первая вексельная программа объемом 300 млн. рублей и начата реализация второй вексельной программы объемом 500 млн. рублей. По итогам конкурса "Финансовый Петербург" БАЛТИНВЕСТБАНК признан лучшим банком Санкт-Петербурга 2006 года по обслуживанию юридических лиц.
В 2007 году банк продолжил активное развитие сети. Так, по состоянию на конец года сеть банка состояла из четырех филиалов и 28 дополнительных офисов банка. Всего в 2007 году было открыто 9 дополнительных офисов в Санкт-Петербурге, Самаре, Архангельской области, в том числе операционный офис в Тольятти. В 2007 году разработана и внедрена новая линейка программ кредитования малого бизнеса, оптимизированы программы и продукты для частных лиц. В текущем году банк приступил к эмиссии пластиковых карт системы MasterCard. В середине 2007 года акционеры банка утвердили новую стратегию развития банка до 2011 года, разработанную международной консалтинговой компанией – Roland Berger Strategy Consultants. Банк стал одним из победителей конкурса на право размещения средств бюджета Ленинградской области и Санкт-Петербурга на депозитах. В 2007 году компания KPMG, входящая в «большую четверку», подтвердила соответствие отчетности Банка по МСФО за 2006 год. По итогам 9 месяцев 2007 года БАЛТИНВЕСТБАНК вошел в ТОП 100 самых прибыльных и эффективных банков России.
На конец года сеть банка состояла из 4 филиалов, расположенных в Самаре, Архангельске, Выборге и Москве, и 28 дополнительных офисов (в Санкт-Петербурге Центральный офис и 15 дополнительных офисов, в Архангельской области 7 допофисов, в Самаре 5 допофисов и операционный офис в Тольятти). По итогам конкурса "Финансовая Россиия" БАЛТИНВЕСТБАНК признан лучшим банком Северо-Запдного Федерального округа России в 2007 году по темпам развития.
Ежегодно банк выделяет значительные средства на благотворительные проекты: финансирование реставрации памятников истории и современных культурных проектов, развитие спорта, социальные программы помощи общеобразовательным и медицинским учреждениям, организациям инвалидов, детским домам, оказание поддержки правоохранительным органам. Крупнейшими благотворительными проектами Банка стали финансирование полной реставрации Ростральных колонн на стрелке Васильевского острова и скульптурного ансамбля Петра Клодта "Укрощение коня" на Аничковом мосту.
Сегодня БАЛТИНВЕСТБАНК развивается как универсальный банк, предоставляющий полный комплекс услуг юридическим и физическим лицам. В настоящее время Банк является одним из крупнейших петербургских универсальных банков. Клиенты и партнеры находят в БАЛТИНВЕСТБАНКе надежного партнера, имеющего большой и разносторонний опыт, уверенного в своих возможностях, работающего стабильно и эффективно
